Pengajian Prasiswazah mula beroperasi dengan rasminya pada 12 Disember 2006 dan penubuhannya bertujuan untuk memastikan pembangunan dan pengurusan program prasiswazah UTM dilaksanakan mengikut spesifikasi dan kualiti yang ditetapkan oleh Senat Universiti melalui kerjasama dengan fakulti-fakulti dan bahagian-bahagian yang berkaitan. Selain daripada itu, Pengajian Prasiswazah juga bertanggungjawab untuk memantau dan menyelaras pelaksanaan polisi dan prosedur operasi program pengajian prasiswazah UTM seperti Garis Panduan Latihan Industri dan Garis Panduan Projek Sarjana Muda (PSM), membantu universiti dalam menjamin kualiti ambilan mahasiswa (quality intakes) serta mengumpul data dan maklumat berkaitan pengajian prasiswazah untuk tujuan rekod dan perancangan universiti.
Fungsi pengajian prasiswazah kemudiannya telah diperluaskan dengan diberi tanggungjawab untuk menerajui pembangunan dan penambahbaikan kurikulum kursus umum universiti serta menerajui dan membantu fakulti dalam membangunkan kemahiran insaniah (generic skills) dan employability skills mahasiswa. Pengajian Prasiswazah turut membantu fakulti dalam merancang dan melaksanakan program First Year Experience (FYE) dan program Profesional Skills Certificate (PSC) iaitu How To Get Yourself Employed (HTGYE) serta membantu fakulti dalam memastikan keberkesanan pelaksanaan tugas Penasihat Akademik di fakulti. Di samping itu juga, Pengajian Prasiswazah turut berperanan membantu universiti dalam membangunkan sistem e-Portfolio mahasiswa UTM serta menyelaras beberapa taskforce bagi melaksanakan program Minor, Harvard Business School Case Study, Job Creation, Service Learning serta menajlinkan kerjasama bestari bersama dengan Kerajaan Negeri Johor.
Selaras dengan perkembangan pengajian tinggi negara, satu unit baru di bawah Pengajian Prasiswazah telah ditubuhkan pada 15 Oktober 2010 dan dikenali sebagai Centre for Student Innovation (CSI) atau Pusat Inovasi Mahasiswa. CSI berperanan sebagai pusat yang akan memupuk budaya inovasi di kalangan mahasiswa melalui penyediaan prasarana yang kondusif dan mengadakan aktiviti-aktiviti mahasiswa bercorak inovasi.
Pada masa ini, pentadbiran Pengajian Prasiswazah diketuai oleh seorang Dekan dan dibantu oleh seorang Pengurus (Pembangunan Akademik), seorang Timbalan Dekan (Inovasi Mahasiswa), dua orang Penolong Pendaftar dan lima (5) orang staf sokongan.